従来の低電圧充電制御では、スターターバッテリーに常時充電可能な電圧をかけ、バッテリーが必要なだけ電流を供給するという方法をとっている。このため、エンジンが始動している限りオルタネーターは常に発電し続けエンジンに負荷をかけている。
対して充電制御車は、バッテリーの残量が一定まで下がるか、減速時にバッテリーを充電する制御になっている。これにより、オルタネーターの負荷を低減して燃費の向上に繋がっている。
しかし、アイドリングストップ機能と同じく、週末ドライバーといった毎日車に乗らない環境や、短距離しか走行しないといった環境では、バッテリーの充電が満足にできないため、充電制御といえども残量の減ったバッテリーを充電するためオルタネーターが発電し続け低燃費効果が薄れてしまう。
また、充電制御車はエンジンの負担が軽減した分、スターターバッテリーへの負担が大きくなっており、充放電を繰り返し行なうためスターターバッテリーの劣化は従来の低電圧充電制御と比べると早い。
充電制御車は従来のバッテリーも使用できるが、充電制御車に対応したバッテリーを使わないとバッテリーの寿命を短くしてしまうことがあるため注意が必要だ。